部分藥品的特殊性能對噴霧干燥機的保護設計也會提出高要求，利用有機溶劑溶解的物料，在整個干燥過程中要求整個系統須滿足防爆要求，并在電機、儀表、控制閥等配件設計中同樣需要選擇防爆型。為避免溶劑與空氣混合成爆炸性氣體，噴霧干燥機須采用密閉循環系統，載體需要選擇惰性氣體。除此之外，對于干燥部分容易氧化的物料，通常需要選擇以氮氣為載體的密閉循環系統。
       噴霧干燥機的產品為細粒子，容易形成粉塵，為適應環保要求，我們只用目前常規配置的旋風分離器產品，還可加入帶式除塵器進行凈化，從而讓尾氣含塵量＜50mg/nm3的氣體便可達到相關標準。或者選用濕式洗滌器，將尾氣含塵量降到15mg/nm3～35mg/nm3氣體。網帶式干燥機采用氮氣作為載體時，噴霧干燥機要注意密閉，排氣口要引到室外。
 熱空氣金甌溫度在并流操作時為：250℃～500℃，逆流操作時為：200℃～300℃，霧化干燥后出口溫度一般控制在60℃～100℃，熱利用率較低，這也是噴霧干燥機的一大劣勢。
       日前，國內工業規模的噴霧干燥機，熱效率通常為30%～50%。國外帶有廢熱回收的噴霧干燥機熱效率可達70%，但設備只有在生產能力＞100kg（水）/h時才有經濟意義。但在用到氮氣載體、有機溶劑時，采用密閉循環系統，可使氮氣循環使用，溶劑冷凝套用，從而可有效地降低生產成本。